阿伯拉尔被福尔贝雇凶阉割了。他不仅身体受到了伤害，精神遭到了重击，名誉上更是蒙受了巨大的耻辱。他进入了巴黎北郊的圣丹尼修道院（Saint Denis Abbey），打算含垢忍辱了此残生了。
阿让特伊（Argenteuil）女修院离圣丹尼修道院不远，当爱洛伊丝惊闻噩耗，匆匆赶到了圣丹尼，但是已经削发为僧的阿伯拉尔拒绝见她，是啊！落到这个地步了，还能做夫妻吗？还能缠缠绵绵重温旧梦吗？既然不能，见面何益？
在爱洛伊丝的坚持下，两人还是见面了。望着几乎已被这场灾难摧垮了的阿伯拉尔，爱洛伊丝做出了决定，她将披上修女的缁衣遁入女修院，从此青灯古卷陪伴着远方的爱人一起老去。这一年，爱洛伊丝只有18岁。
从此，阿伯拉尔成了圣丹尼修道院的修士，爱洛伊丝则成为阿让特伊女修院的修女。两人天各一方，以无奈、凄绝的心灵遥对夜空，默默地思念着、守护着。
然而，阿伯拉尔的学术名望太高了，各地的学子纷纷前往圣丹尼，他们鼓励阿伯拉尔不要就此沉沦，而是应该重出江湖，把自己的毕生才学授予年轻的一代。
前来求教的学子越来越多，眼见院长和修士们不堪其扰，阿伯拉尔决定离开圣丹尼，重新出山。
他带着学生们来到了巴黎东南部的特鲁瓦，在荒郊野地里建起了一所学校，重新开始他的教师生涯。他把这所自己亲自建造的学校命名为“抚安堂”（Paraclete），他希望能在这个远离尘世的地方教书授业，以此安抚自己受伤的心灵。
但是，一波未平，一波又起。由于阿伯拉尔的学说和当时主流的神学理论有着巨大的冲突，阿伯拉尔是以古希腊柏拉图、亚里士多德的逻辑学、辩证法来解说神学，这在主流神学家眼里，阿伯拉尔以异教的学说来阐释神学，这无疑是离经叛道，有异端之嫌。
1121年，在法国北部的苏瓦松（Soissons）召开会议，阿伯拉尔被召到了现场接受“批判”，这次会议判定阿伯拉尔的学说有异端之嫌，并命令阿伯拉尔当场焚烧自己的著作。
然而，12世纪已被后世称作“小文艺复兴”，理性的光芒已经初露地平线。阿伯拉尔虽然遭到主流学派的否定，但他还是受到了各地的支持。此时，布列塔尼的“圣吉尔达”修道院盛邀阿伯拉尔前去担任院长，布列塔尼（Bretagne）是阿伯拉尔的故乡，他愉快地接受了邀请。
此时的爱洛伊丝已经担任了阿让特伊女修院的院长，但是，它的“上级单位”圣丹尼宣布将其收回，修女们将被遣散。爱洛伊丝心急如焚，她写信向阿伯拉尔求救。阿伯拉尔决定将自己创建的“抚安堂”交给爱洛伊丝，让爱洛伊丝接管“抚安堂”，并将其改建为女修院。于是，爱洛伊丝带着修女们风餐露宿的赶往特鲁瓦。十年分别，阿伯拉尔和爱洛伊丝终于又见面了。此时的阿伯拉尔已是年届天命、两鬓斑白了。爱洛伊丝久久凝视着日思夜想的丈夫，咫尺天涯，无语凝噎。
爱洛伊丝带领修女们将“抚安堂”改建成了女修院，她继续担任院长。在爱洛伊丝的管理下，“抚安堂”成了中世纪一所著名的女修院。
阿伯拉尔离开了布列塔尼，开始云游各地讲学。他在和朋友的通信中叙述了自己前半生的苦难以及和爱洛伊丝的旷世绝恋，这封信就是我们今天读到的《劫余录》。当这封信在巴黎流传开来以后，很快就被爱洛伊丝看到了。爱洛伊丝读着丈夫的这部泣血之作，往日的甜蜜、凄苦涌上心头，未来的无奈、无望更是一片迷茫。她痴痴地守着漫漫长夜，泪流满面。
从以后两人的通信来看，爱洛伊丝旧情不忘，字里行间依旧是爱意绵绵，甚至是激情澎湃，她在给阿伯拉尔的信中写道：
“我们的恋情带给我极大的快乐和甜蜜，即使在做弥撒时，那种淫荡的快感却牢牢抓住了我不幸的灵魂，让我的思想恣意放荡而无法集中祈祷。我本该为我犯下的罪过忏悔，却只能为我失去的一切叹息”。
爱洛伊丝认为，相对于阿伯拉尔所遭受的磨难，作为女人的自己所受的苦更深更重，她在信中写道：
“肉体上的一处伤口可以治愈你精神上的众多伤口，从而解脱你的精神折磨。但对我而言，青春、激情和快乐的体验加剧了我肉体和欲望的折磨”。
然而，面对哀怨的妻子，已经成了废人的阿伯拉尔又能如何呢？他在信中检讨自己，认为当年因为欲火焚身，甚至在修道院的膳堂里和爱洛伊丝做爱，遭到上帝的惩罚是咎由自取，上帝或许正是以此将两人的世俗之爱引向更高层次的对上帝的爱。
1142年，63岁的阿伯拉尔在克吕尼修道院去世，临终前，他向院长提出，将他的遗体运往“抚安堂”，埋葬在爱洛伊丝的身边，他要化作神灵守护着他一生的挚爱。当爱洛伊丝得知以后，迅速带人前往，护送阿伯拉尔的灵柩回到了抚安堂。阿伯拉尔的墓碑上写着这样的文字：“高卢的苏格拉底，西方的柏拉图，我们的亚里士多德，学界的领袖”。
20年以后，同样63岁的爱洛伊丝去世，临终前，她嘱咐将自己的遗体和阿伯拉尔合葬。
阿伯拉尔和爱洛伊丝的苦恋感动了一代又一代的法国人。1810年，拿破仑的妻子约瑟芬皇后命人将这对悲情夫妻的遗骸迁移到拉雪兹神父公墓，举行了隆重的安葬仪式。
