罗马暴行震惊了欧洲，查理五世成了众矢之的。虽说这桩恶行是波旁公爵干的，但公爵死了，查理作为皇帝自然脱不了干系。而查理被弗朗索瓦所骗，即便手里扣着两个法国王子，但堂堂帝国皇帝又不能对两个七、八岁的孩子下手，查理气得七窍生烟。无奈，查理只好和法国再度谈判。
《罗马之劫1527》 林格巴赫（荷）
法王派出了王太后，查理派出了老姑母玛格丽特。1529年，两个著名的女政治家在法国北部的康布雷签署了《康布雷和约》（Taerty of Cambrai）。和约规定，法国放弃意大利，查理则放弃勃艮第；法国需以200万金币作为两个王子的赎金；查理的姐姐埃利诺嫁给弗朗索瓦，两国建立联姻关系。
由于这个和约由弗朗索瓦的母亲和查理五世的姑母所签署，史称“女士的和平”(Ladies’Peace)。
《女士的和平》 卡萨诺瓦（西）
查理与教皇也和解了。1530年，教皇为查理五世加冕，查理成了最后一位由教皇加冕的神圣罗马帝国皇帝。
哈布斯堡王朝国土广袤，查理坐镇西班牙，控制意大利；德意志则交给弟弟斐迪南。《康布雷和约》签署后的第二年，姑母玛格丽特去世了，查理就将妹妹“匈牙利的玛丽”（Maria von Ungarn）——即阵亡于摩哈赤的匈牙利国王拉约什的遗孀接到弗兰德，由玛丽接替姑母担任弗兰德总督。玛丽成了哥哥的得力助手。
对查理来说，最致命的威胁当然还是奥斯曼人。1529年和1532年，奥斯曼大军两度打到维也纳。斐迪南在前线顶着，好在查理的运气起了作用，奥斯曼的两次围困维也纳，竟然都被百年未遇的雨季洪水给摧毁了。
但是，随着海盗王巴巴罗萨·海雷丁当上了奥斯曼的海军司令，奥斯曼舰队开始从海路逼近欧洲腹地了。
北非的突尼斯、阿尔及利亚，在中世纪是著名的海盗窝点，巴巴罗萨·海雷丁的大本营就在突尼斯。自从海雷丁当上了奥斯曼海军大元帅，他的实力与日俱增。虽然，查理五世未雨绸缪，多年前就将从罗德岛败退的医院骑士团安置在马耳他，这就挡住了海雷丁从北非进犯西西里的航路，但是，近在咫尺的海雷丁对西班牙东部海岸还是构成极大的威胁。
1535年6月，查理亲率四百艘战舰，六万大军，攻打突尼斯。
攻打奥斯曼人，各国都得出力，于是查理的大军成了多国部队。查理从小在弗兰德长大，说的是法语；坐上西班牙王位后，他很快就学会了西班牙语；当了皇帝后又学会了德语；占领意大利后又学会了意大利语。他曾自得地夸耀自己的语言天赋：“我和上帝交谈，用的是西班牙语，因为西班牙语庄重、威严；和朋友交谈，我用意大利语，因为意大利语亲切友好；勾引女人，我用法语，因为法语诱惑力强；我生气骂人，就用德语，因为德语咄咄逼人、强硬生猛。”
查理治军有方，他穿梭于军营，和不同国籍的士兵用他们祖国的语言聊天，这就拉近了皇帝和士兵的距离。当查理登陆突尼斯，杀向奥斯曼大营时，将士们血脉贲张，爆发出惊人的战斗力。突尼斯被攻陷了。
但是，老海盗海雷丁是狡猾的，他预感到局势不妙，立刻扬帆起航逃之夭夭。而当时的战争规则是攻陷城池后可以合法抢劫三天，军队忙于抢劫，没有堵住海雷丁，致使老海盗漏网。
突尼斯大捷轰动欧洲，查理五世成了盖世英雄。但是，海雷丁的漏网后患无穷，三年之后，老海盗率领奥斯曼舰队在希腊海岸的普雷韦扎击败查理五世的联合舰队；而六年之后，查理再度起兵攻打阿尔及利亚，却遭遇风暴折戟沉沙。虽然，查理五世和苏莱曼大帝在地中海互不相让，但查理毕竟遏制住了奥斯曼席卷欧洲的狂潮。
《巴巴罗萨·海雷丁》 委内齐亚诺（意）
但是，德国面临着因宗教而分裂的危险，马丁·路德的新教如星火燎原。1531年，信奉新教的选帝侯们在德国中部的施马尔卡尔登（Schmalkalden）建立了“施马尔卡尔登联盟”，盟约规定，任何一位联盟成员遭到皇帝的攻击，联盟必须出兵救援，这就等于分裂德意志、公然挑战查理皇帝的合法性了。可是，查理环顾四周，法国人暗地里资助这伙反贼，而奥斯曼人已经打到家门口了，要对付奥斯曼人，还必须仰赖新教诸侯的军队，于是，查理只能退让。即便以后查理利用联盟内部的矛盾，击败了他们，但面对日益壮大的新教势力，查理只能被迫妥协，于是，新教在德国的大部分地区合法化了。
查理的一生几乎是在战争中度过的，而打仗需要钱。1518年，查理即位不久，就资助了麦哲伦的全球首航。麦哲伦（Ferdinand Magellan）是葡萄牙人，和当年的哥伦布一样，他的探险计划也被葡萄牙国王拒绝了，于是，这个人才就流失到了西班牙并得到了查理五世的资助。麦哲伦一路往西，穿越大西洋、太平洋，最后返回了西班牙，这就证实了古人关于地球是个圆球的预测。可惜，麦哲伦没有等到胜利返航的那一天，他在菲律宾死于和当地土著的冲突。
美洲的殖民范围也越来越广，冒险家科尔特斯（Hernán Cortés）北上墨西哥，征服了当地的阿兹特克帝国（Aztec Empire）；另一位冒险家皮萨罗（Francisco Pizarro）则进入南美的秘鲁，摧毁了印加帝国（Inca Empire）。
《科尔特斯入侵阿兹特克》 里瓦斯（西）
查理五世的心情是矛盾的，卡萨斯修士（Bartoloméde las Casas）所揭露的殖民者的残暴让查理怒不可遏，可是，战争所需要的金钱恰恰又是这些强盗从美洲运来的。这就使得查理在制定美洲政策时陷入一种前后矛盾的摇摆状态。
查理五世的妻子伊莎贝尔是葡萄牙公主，两人是姨表兄妹。亦即西班牙双王伊莎贝尔一世和斐迪南二世是这对夫妻共同的外祖父母。伊莎贝尔当公主时，就很有个性，她认定自己理所当然必须嫁给表哥查理，做西班牙的王后。当她得知查理和英国的小表妹玛丽（即未来的“血腥玛丽”）订婚时，就决定斩断情丝，遁入修道院不再嫁人。所幸查理后来取消了和玛丽的婚约，伊莎贝尔才如愿以偿。
伊莎贝尔王后在西班牙享有很高的声望，由于查理频繁穿梭于意大利、德意志、弗兰德等地，因此，查理将王后任命为西班牙摄政。可惜，婚后的第十三年，在生育第七胎孩子时，年仅36岁的王后因难产而死。查理伤心欲绝，他把自己关进修道院整整两个月，从此他的余生始终身穿黑色的丧服，直至20年后去世，未再婚娶。
晚年的查理是寂寞而痛苦的，寂寞的是，老对手弗朗索瓦、亨利八世都先他而去了，痛苦的是，严重的痛风症彻底摧垮了他的身体。1555年10月，查理在布鲁塞尔的宫殿里举行了隆重的退位仪式。他将西班牙、弗兰德、美洲大陆留给了他和伊莎贝尔王后的长子腓力二世（Philip of Spain）；神圣罗马帝国的皇位则留给了弟弟斐迪南。从此，哈布斯堡王朝分为西班牙和奥地利两大支系。他的姐姐（法王弗朗索瓦的遗孀）埃利诺、妹妹匈牙利的玛丽，也决定退隐，陪同查理一起回到西班牙。
《查理五世的退位寓言》 弗兰肯（比）
查理隐居在西班牙西部的圣尤斯特修道院（Yustemonastery），姐姐埃利诺和妹妹玛丽则居住在附近，常来修道院陪伴查理。
1558年9月21日，查理五世驾崩，享年58岁。
