吉斯公爵屠杀胡格诺教徒事件激起轩然大波，在纳瓦拉女王胡安娜的鼓动下，孔代亲王和海军上将科利尼拉起了队伍，内战爆发。
战争初期，双方势均力敌。胡安娜女王的丈夫战死，吉斯公爵也遇刺身亡。
《胡安娜女王夫妇》 雷沃伊（法）
对美第奇太后来说，宗教立场并不重要，重要的是维护王权，保护好自己的孩子。这一年，查理九世才12岁，三个王子和公主从7岁到11岁不等，因此，她采取了中立政策。而双方都想拉拢王室为己所用，王太后凯瑟琳反而掌握了主动权。
1563年，王太后在昂布瓦斯城堡颁布敕令，给予胡格诺派信仰自由，双方各退一步，战火暂时得到了遏制。
今日昂布瓦斯城堡（法国）
凯瑟琳平息了内战，为了彰显王室形象，她带着孩子们开始了全国巡游。她抵达法、西边界，和已经是西班牙王后的女儿伊丽莎白相会，劝说西班牙不要给吉斯家族撑腰；她又前往纳瓦拉会见胡安娜，请她顾全大局，遏制激进的胡格诺分子。她奔走于两派阵营之间，竭力促和。
《凯瑟琳的和平》 托托雷尔（法）
但美第奇太后的努力是徒劳的，因为政治手段根本无力解决宗教问题，因此，《昂布瓦斯敕令》（Edict of Amboise）成了一纸空文。而胡安娜女王干脆将大本营搬迁到胡格诺控制的海港城市拉罗谢尔（La Rochelle），并将已经14岁的儿子亨利（史称“纳瓦拉的亨利”，即未来的波旁王朝开创者亨利四世）交给孔代亲王和科利尼上将，少年亨利开始了他的戎马生涯。
然而，胡格诺派过于激进了，他们想控制王室，挟天子以令诸侯，于是对正在巴黎近郊莫城（Meaux）度假的王室发起进攻，打算抓捕太后和国王。王太后带着孩子们狼狈逃回巴黎。史家分析，“莫城事件”是凯瑟琳改变立场的分水岭。
内战再起，孔代亲王战死。
随着吉斯公爵和孔代亲王的先后阵亡，双方已经不仅仅是宗教纠葛了，他们的儿子都继承了父亲的爵位，小吉斯公爵和小孔代亲王卷入了不共戴天的血亲复仇。
王太后再度颁布敕令，对胡格诺派做出更大的让步，为表示诚意，凯瑟琳提出将自己的幼女玛格丽特（史称“玛戈王后”）嫁给胡安娜的儿子——纳瓦拉的亨利。
胡安娜女王接受了这个建议，1572年6月，她来到了巴黎。
但是，进入巴黎的胡安娜意外病亡了。
胡安娜的死因成了历史之谜，后世认为是凯瑟琳指使她的御用香料师将一副毒手套卖给了胡安娜，毒死了这位胡格诺派的精神领袖。同时代的英国剧作家克里斯托弗·马洛在他的戏剧《巴黎大屠杀》中也采用了这个说法。
母后死了，但婚礼还得进行。纳瓦拉的亨利继母亲之后成了胡格诺的领袖，他和王室公主的婚礼自然让胡格诺派兴高采烈，全国各地的胡格诺纷纷涌入巴黎，有头有脸的入住卢浮宫，其他人则将巴黎的大小旅店都给住满了。
海军上将科利尼和孔代亲王也进入了巴黎。
1572年8月18日，亨利和玛戈王后的婚礼在巴黎圣母院隆重举行，整个巴黎陷入了狂欢的海洋。
可是，十年内战结下血海深仇的吉斯派和胡格诺派，加上居心叵测的王室，三方势力齐聚巴黎，不出事才怪呢。
果然，婚礼之后的第四天，科利尼将军遭到了枪击，所幸没有致命。但城里的胡格诺派炸了窝，胡安娜王后本来就死得不明不白，而今，他们又向科利尼将军下手了。
巴黎全城充斥着胡格诺要求复仇的呐喊。王太后和查理九世亲临科利尼府邸探望受伤的将军，表示一定要查出凶手，严惩不贷。
《太后和国王探望科利尼》沃克哈特（德）
两天之后，1572年8月24日深夜，巴黎突然钟声大作，全副武装的吉斯军队控制了全城，他们冲进各个旅馆，将睡梦中的胡格诺分子就地诛杀，他们甚至冲进了卢浮宫，将入住其中的胡格诺贵族全部杀死，在家养伤的科利尼将军被冲进府邸的吉斯军队刺杀身亡。
这一天是基督教圣徒巴托洛谬的宗教纪念日，该事件史称“圣巴托洛谬大屠杀” （Massacre de la Saint-Barthélemy）。
随着巴黎的动手，全国各地都掀起了屠杀胡格诺派的狂潮。据统计，巴黎被杀的胡格诺达三千人，而全国各地被杀的胡格诺将近8万人。
三千具尸体被扔进了塞纳河，据说，巴黎人很久不敢吃塞纳河里的鱼。
这场婚礼，成了名副其实的“血色婚礼”。
新郎亨利被王室保护了起来。
玛戈王后（La Reine Margot）是凯瑟琳的幼女，她和新婚丈夫毫无感情，双方各有自己的情人。但是，在这生死关头，她出手保护了丈夫。
凯瑟琳逼迫女婿改宗，脱离胡格诺以保全性命。在玛戈王后的劝说下，亨利答应了。
当纳瓦拉的亨利在巴黎圣母院跪下，宣誓皈依罗马天主教时，据史料记载，王太后面对前来观礼的各国使节开怀大笑。从此，圣巴托洛谬大屠杀的罪魁嫌疑落在了美第奇王太后的头上。
亨利被软禁在卢浮宫，他和查理国王成了好友。然而，诺查丹玛斯的预言应验了，凯瑟琳太后的儿子都活不长。两年之后，年仅24岁的查理九世又命在旦夕了，和他的哥哥一样，他也没有后嗣。
《凯瑟琳和查理九世》蒙瓦辛（法）
凯瑟琳还有两个儿子，一个是前安茹公爵亨利，他已经被波兰立陶宛联邦选举为国王了；而幼子阿朗松公爵却有着胡格诺倾向，这让凯瑟琳忧心忡忡。因此，她决定让亨利放弃波兰王冠，回法国继位。但是，一批同情胡格诺的贵族则希望让小王子阿朗松公爵继位，其中包括玛戈王后的情人——青年贵族拉莫尔（Joseph Boniface de La Mole）。
但是，这个阴谋败露了，拉莫尔被处死。伤心欲绝的玛戈王后为拉莫尔收尸，并将情人的头颅做了防腐处理，保存起来。这个事件被后世作家司汤达借用了，他在小说《红与黑》中虚构了一个拉莫尔的后裔——拉莫尔侯爵，当于连被处死时，侯爵的女儿玛特尔也学玛戈王后将于连的头颅收藏起来。
查理九世死了，波兰国王亨利瞒着波兰立陶宛联邦议会，逃出波兰，飞奔巴黎，登基为亨利三世（ Henri III）。
纳瓦拉的亨利趁乱逃出了巴黎，他宣布重归胡格诺，在南方建立了共和国；吉斯公爵也宣布建立“神圣同盟”。内战再起。
由于法王亨利三世、纳瓦拉的亨利以及吉斯公爵亨利，三个人都叫亨利，这场混战史称“三亨利之战”。
操劳一生的凯瑟琳已经年过六旬了，可是，为了她的儿子，她不得不继续奔波。为了撑住王室脸面，她大搞形象工程，引进意大利歌剧和芭蕾，以花团锦簇的虚假繁荣粉饰着已经江河日下的瓦卢瓦王室。可是，她的幼子阿朗松公爵又是无嗣而亡，看着最后仅剩的独苗——被男宠包围着的异装癖亨利三世，她明白，瓦卢瓦王室将要绝嗣，而波旁家族的接替已是无可避免了。
《王后喜剧芭蕾舞剧1582年》 （木刻）
1589年1月5日，凯瑟琳·美第奇驾崩，享年70岁。
半年之后，她的儿子法王亨利三世遇刺，长达260年的瓦卢瓦王朝绝嗣。
纳瓦拉的亨利继位为王，史称“亨利四世”（Henri IV）。波旁王朝（ Bourbon Dynasty）走上了历史舞台。
亨利四世明白，在天主教徒占百分之九十的法兰西，是不会接受一个胡格诺国王的。于是，他再度改信天主教，巴黎终于为他打开了大门。当人们批评他时，他说：“巴黎值得一场弥撒”。
1598年，亨利四世颁布南特敕令（Édit de Nantes），宣布宗教和解。胡格诺战争落幕。
但是，内战三十年，死了三百万人，仇恨是难以化解的。1610年，亨利四世遇刺身亡。
亨利四世也是今天的法国人很喜爱的一个国王，他的名言：“我要让法国的农民每个礼拜天都能吃上一只鸡”感动了无数的法国人。
他和玛戈王后的婚姻是悲剧性的，两人没有后代，最终离婚，但玛戈保留了王后的名号，而亨利四世则续娶了凯瑟琳太后的侄女——玛丽·美第奇（Marie de Medicis）。
《亨利四世》雕塑（巴黎）
数十年后，亨利四世和玛丽·美第奇的孙子路易十四将法国推上了欧洲霸主的地位。
